Федерално тужилаштво ФБиХ је законом овлаштено да може наредити спровођење истраге у свим предметима из надлежности кантоналних тужилаштава. Садашња кадровска и материјална оспособљеност Федералног тужилаштва ФБиХ, као и обавезе пред Врховним судом ФБиХ, не омогућава ангажовање федералних тужилаца у првостепеном кривичном поступку.