Федерално тужилаштво ФБиХ је законом овлаштено да може подизати оптужнице у кривичним предметима из надлежности кантоналних тужилаштава и исте заступати пред опћинским и кантоналним судовима у Федерацији БиХ. Због садашње кадровске и материјалне оспособљености Федералног тужилаштва ФБиХ, те обавеза које Федерално тужилаштво ФБиХ има у другостепеним поступцима пред Врховним судом ФБиХ ова процесна могућност се у пракси не користи, али се настоји кроз надзор над радом кантоналних тужилаштава, пружањем стручне помоћи, давањем појединачних обавезних упутстава и стручним мишљењима утицати на квалитет оптужница кантоналних тужилаштава.